星期二, 6月 03, 2014

Neuro-Imaging Tools -- FSL 及 AFNI之安裝


在686Campus,我呆的單位Neurological Disorder,其實是研究腦科學的單位。本來一開始並沒想要處理腦部,畢竟和我所在的學門不同。但是後來想一想,何不使用他們最習慣的工具,做他們最習慣的事;而我要配合的,就是找個研究主題來"應用"。所以開始了Brain MRI影像處理。

我要講的是Tools,以及這些Tools在mac上的安裝。

他們一開始介紹給我的是FSL(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)。FSL的安裝相對簡單,其實只要上FSL的官網,照著做就可以了。這邊把步驟翻譯一下:
第一,先安裝x11(10.7可以跳過,但是現在大家的osx應該都是10.8或是10.9吧),x11在這裏(http://xquartz.macosforge.org/landing/)可以找到dmg檔,直接下載安裝就好。
第二,接下來到FSL的下載頁(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/)來下載,下載前有一些 licences agreement要點,用mac的童鞋,請下載fslinstaller.py。
第三,執行fslinstaller.py,語法:

cd ~/Downloads
python fslinstaller.py

就這樣,還不算難吧。
//for syntaxhighlighter 3 //看一下載入的JS模組有哪些,不要的就刪掉 //end syntaxhighlighter 3