星期二, 6月 03, 2014

Neuro-Imaging Tools -- FSL 及 AFNI之安裝


在686Campus,我呆的單位Neurological Disorder,其實是研究腦科學的單位。本來一開始並沒想要處理腦部,畢竟和我所在的學門不同。但是後來想一想,何不使用他們最習慣的工具,做他們最習慣的事;而我要配合的,就是找個研究主題來"應用"。所以開始了Brain MRI影像處理。

我要講的是Tools,以及這些Tools在mac上的安裝。

他們一開始介紹給我的是FSL(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)。FSL的安裝相對簡單,其實只要上FSL的官網,照著做就可以了。這邊把步驟翻譯一下:
第一,先安裝x11(10.7可以跳過,但是現在大家的osx應該都是10.8或是10.9吧),x11在這裏(http://xquartz.macosforge.org/landing/)可以找到dmg檔,直接下載安裝就好。
第二,接下來到FSL的下載頁(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/)來下載,下載前有一些 licences agreement要點,用mac的童鞋,請下載fslinstaller.py。
第三,執行fslinstaller.py,語法:

cd ~/Downloads
python fslinstaller.py

就這樣,還不算難吧。

~~~~~~~~我是分隔線~~~~~~~~

而AFNI就有點困難了,到處查的結果,步驟一堆,還有一些patch要注意。其實,我的經驗是沒那麼難。而且osx 10.9到現在已經上巿半年多了,有些問題,本來要patch的,現在社群其實都解決掉了。我參考的是"getting afni working on mac osx 10.9 mavericks with home-brew" (https://gist.github.com/paulgribble/7291469)。以下步驟都是在command window中下指令:

第一,從app store 下載安裝Xcode。同時安裝Xcode command line tools,下指令:
xcode-select --install

第二,安裝 homebrew,同時進行資料庫update,下指令:
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/mxcl/homebrew/go)"
homebrew update

第三,安裝Qt4、sip、pyqt、wget,下指令:
brew install qt
brew install sip
brew install pyqt
brew install wget

第四,安裝x11,假設已經裝好了,跳過。

第五,下載 afni 到 ~/Downloads folder:

第六,安裝afni,並且設定一些路徑:
cd ~/Downloads
tar -xvzf macosx_10.7_Intel_64.tgz
mkdir ~/afni
cp -r ~/Downloads/macosx_10.7_Intel_64/* ~/afni/
/bin/rm -fr ~/Downloads/macosx_10.7_Intel_64*

export PATH=~/afni:$PATH
export DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=~/afni
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages
ok,安裝完成,你可以試著執行afni或是uber_subject.py了。

工具在手邊,要怎麼發揮就看個人修行了。
[裝好後我才發現一個殘忍的事實,作者在3dSeg的help中寫到:I do not recommend you use this program for quantitative segmentation, at least not yet. I have a lot of emotional baggage to overcome on that front.],昏倒~~

~~UPdate~~
經過高人指點,應該是用3dskullstrip來做segmentation才對。

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//for syntaxhighlighter 3 //看一下載入的JS模組有哪些,不要的就刪掉 //end syntaxhighlighter 3