篩檢，真的能降低死亡率，還是只是另一場數字遊戲？

這個星期的NEJM網站，有個FREE REVIEW是有關乳癌篩檢的重大議題。

作者比較80年代初期開始大規模的用乳房攝影執行乳癌篩檢，和未有乳癌篩檢的時期，乳癌的盛行率、分期和死亡率(1976~1979，比上2006~2009)。

結果呢，開始乳癌篩檢後，大幅的增加了早期乳癌的發現率，局限型乳癌的盛行率上升了一倍多。但是末期乳癌病患只下降了8%。30年來，減少了67,000末期乳癌病患，卻增加了1,585,000個早期乳癌患者。

作者下了個結論：
Despite substantial increases in the number of cases of early-stage breast cancer detected, screening mammography has only marginally reduced the rate at which women present with advanced cancer.

這也再一次對應到我之前寫的癌症篩檢的盲點和bias---之三：overdiagnosis bias。

附上另一個圖來表示這件事：


所以，肺癌篩檢是否真的要做low dose CT 來找early lung cancer(早期肺癌)請自行判定，也請找有倫理、有醫德的大老追蹤。

新朋友：螢光透視平台 (Fluoroscopy) -- Toshiba Cleaerscope

話說一代新人換舊人，舊的不去，新的不來。

在拆解舊的fluoroscope機器及檢查床等一干設備後，我們並不能讓全台灣唯一個Fluoroscope-guided bronchoscopy的醫院就此結束fluoroscope，但是健保對fluoroscope的給付(200點/case)根本無力像之前一樣養一台Fluoroscope的x光機，所以只好退而求其次，買C-arm來使用。

▼▼▼這就是這次購買的fluoroscope機器--Toshiba Cleaerscope SXT-1000A。

我們不太熟的老朋友：PENTAX 全電子式支氣管鏡 -- 離情依依

又有一個老朋友要離我們而去了。雖然說，胸腔部的同仁對它可能是又愛又恨，或是一點感情都沒有，但是它仍舊是默默的躲在牆邊守候著。

這次的主角是它，PENTAX EPM-3300 及 EB-1830T3系列的全電子式支氣管鏡-Videobronchsocpe 組。


這一組電子式的支氣管鏡，應該算是台灣第一組全電子式的支氣管鏡了吧。

程式專題之一：Part-1：py2exe 的小問題

經過2週和程式的奮鬥，基本上我那個程式是完成了。
但是程式是要給別人用的，所以就只好打包成exe檔。

python自己沒有compile成exe的功能。還好有人寫了py2exe的程序來做這件事。研究了一下，這位Victor寫的進階教學還算不錯，只是它打包的是程式本身，程式呼叫的DLL檔是沒打包起來的。

尤於我用的是python 2.7.2版，直接上py2exe的官網下載並且安裝。這個過程中出現了一個小插曲，py2exe的官網上直接給的是for python 2.6的py2exe，所以要再去它的下載目錄中找出for 2.7的py2exe來裝才可以。

那，程式呼叫的DLL檔要怎麼辦？只好再上網找答案。還好我是新手，新手會遇到的問題應該都不難。很快的在Frank的五四三就找到答案了。基本上在setup這個裏面要把參數設進去即可。這樣弄好，本來約200行的程式(我是新手，程式寫得很髒，行數很多，而且註解也很多)，compile起來約有7M。

接著拿去別的電腦測測看，嗶嗶~~ERROR。跳出一個message說程式沒裝好？？？只好再拜google大神了。大神指示往pyodbc去找答案。果然，答案就在網路中。這個問題是因為py2exe不認識我import的pyodbc，必須在setup中加個options來指定，如下：

setup(
options = { "py2exe": { "includes": "decimal, datetime" } })

如果有有指定別的option了，可以用"逗號"分開。

想說，這樣應該好了吧。一執行，哇咧，為什麼又有錯誤，還有log檔給我。這次有錯誤訊息了，表示至少程式有跑到，而錯誤訊息是：

EOFError: EOF when reading a line

。還是來問Google大神吧。還好，還不是很難的問題，大神這次指示往這兒去，會遇到貴人。果然，又是個小問題，原來之前的Victor大大功力太高，都寫GUI的程式，不像小弟我的處女作只是在CONSOLE上跑。所以要把SETUP中的

window = [{'script': "python.py"}],

改成

console = [{'script': "python.py"}],

終於........
休息了，真好！

程式專題之一：Part-1：用python連接資料庫

這次的工作，是要連接local的資料庫，把資料庫中的資料"倒"到網頁的表格中。

有人已經為python寫好資料庫的函式了，那個叫做pyodbc。它可以操作mysql, mssql, excel及MS access。

個人大部份的程式碼抄自於這個地方。另外參考這位大大的論述。其實，pyodbc的主網頁wiki及faq也應該去看看，只是提及MS access的部份實在太少。

其實，我很偷懶的做了一些精省，主要是不想去碰sql語法，以及我要解析的資料庫竟然都用中文當欄位名稱。在python我搞中文搞很久，過一陣子再把我搞中文的心得po出來。不過，這時候只想讓程式可以跑就好，所以就把整個資料拉出來在python中處理了。