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如何把檔案/資料夾 "置項" 或 "置底"

現在的硬碟越來越大，大家的硬碟應該塞不滿，但是東西就是越來越多。

想辦法分類，卻又因為分類的結果，有些名字就是長這樣，硬是被塞在你不想塞的位置。能不能前面用個符號就可以置底或置頂。置頂ok，只要塞個 "~" 或是 "^" 就行了，但是置底呢？

第一步，我翻出ASCII表，找到在 z 的後面依序是：" { "；" | "；" } "；" ~ "。

但是在 mac的 osx下面，仍舊被丟到最前面去。看來 mac的檔案排序不是照著 ASCII來的。

所以，第二步，就是問 Google了。

很快的，找到了這篇文章，很明白的顯示了 MAC檔案排序的方法。它是把符號先排，再排文字，而文字長得像的就穿插在26個英文字中。例如 t 和™。

而要置底呢，不好意思，沒有符號，只能用以下這三個：

限用在半形字上，至於中日文字等unicode，只知道符號的部份仍舊會變成置頂，其他文字會比 Ω還後面，而最終置底的字元，則還沒找到。

[轉載] 686 Campus 中的自動血壓計

在這個人人都是醫師的時代，藥都可以自已決定要不要吃，而開刀都可以看著教科書(或宣判書)來決定當下怎麼做才是"對"的？自動血壓計就不是什麼偉大的事，畢竟連醫院的醫師護士可能連水銀血壓計都沒看過，沒有自動血壓計在量血壓就是落後、不符評鑑的象徵。686 Campus，自然也有這個血壓計，但是似乎更為先進。

話說，最近腦袋常常卡住，所以只好離開辦公室到處走走，走路散步真的是思考的一大助手，另一個更有助於思考的是沖澡(這是題外話)。走走走走，今天就又走到這台自動血壓計旁了。這台自動血壓計已經不是第一次看到了，雖然不致於每天都經過，但是它就放在主要出入口，想不看到也很難。但是，幾個月下來，使用的人還真是少得可憐，是大家都不管自已的血壓了？還是根本是個藝術品而已？

Neuro-Imaging Tools -- FSL 及 AFNI之安裝

在686Campus，我呆的單位Neurological Disorder，其實是研究腦科學的單位。本來一開始並沒想要處理腦部，畢竟和我所在的學門不同。但是後來想一想，何不使用他們最習慣的工具，做他們最習慣的事；而我要配合的，就是找個研究主題來"應用"。所以開始了Brain MRI影像處理。

我要講的是Tools，以及這些Tools在mac上的安裝。

他們一開始介紹給我的是FSL(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/)。FSL的安裝相對簡單，其實只要上FSL的官網，照著做就可以了。這邊把步驟翻譯一下：

第一，先安裝x11(10.7可以跳過，但是現在大家的osx應該都是10.8或是10.9吧)，x11在這裏(http://xquartz.macosforge.org/landing/)可以找到dmg檔，直接下載安裝就好。

第二，接下來到FSL的下載頁(http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/)來下載，下載前有一些 licences agreement要點，用mac的童鞋，請下載fslinstaller.py。

第三，執行fslinstaller.py，語法：

cd ~/Downloads
python fslinstaller.py

就這樣，還不算難吧。

[虎爛] 權威不會告訴你的事之 -- 運動時全身被上萬倍電磁波襲擊

不要以為不會發生在你身上，大家一定都知道，思考時大腦電磁波飆六萬倍；但是，你不知道的是，運動產生的電磁波傷害，比住在核電廠旁還嚴重。

根據知名的歐盟駐比時利塞加維亞電磁能研究院院士，Flaming指出，運動時，不只大腦中央溝前的運動區活動激增，出現大量alfa-beta波，這些波還會下傳到脊髓，經過前角的運動神經元放大，再下傳到運動肌肉上。這樣的增幅，經研究發現，可以放大到130倍到300倍之多。整體釋放出的電磁波能量，較睡眠時的theda波高出至少六百萬倍之多，萬分驚人。

人類種生理學權威Guitan博士也說，心臟跳動所依靠的心電圖，本身就會產生電磁波；運動時增加的心跳次數及心輸出量，約可以增加到8個MET，但是在氧化結晶矽的壓電還原測量之下，電磁波能量卻高達pi的8次方，約為休息時的一萬倍。因此，心臟的有效使用次數為80億次，心臟累積足夠多電 磁波傷害時，就容易出現心絞痛、心率不整等症狀。所以，多運動、高心跳，就少壽命。

台灣電磁波傷害防治所，同時是運動傷害防治科的官醫師表示：高強度、高頻率的運動，容易累積人體電磁波所帶來的影響，會導致肌肉溶解症、心肌缺氧、睡眠品質傷害；嚴重時對年青人會有不孕， 對高齡者會有癌症等風險。

官醫師也說：運動中的人群，人體繞射會使電磁波影響範圍加大。尤其是運動竸塞，場內和場外一致的加油思考模式會導致思考黑洞，進而出現重力透鏡，使電磁波訊號疊加，必需特別注意。

針對運動產生的電磁波傷害，專家們綜合提出以下幾點建議：
1，古人說得好，能坐就不要站，能躺就不要坐。
2，能用交通工具代步就不要走路，走路時間越短越好。
3，非得要用到肌肉，用全身小肌肉就夠了，可以將風險分散。
4，善用身體表面肌肉，可以將過多的電磁波釋放出去；避免使用深層肌肉，以免儲存人體電磁波所帶來的效應，並影像內臟功能。
4，遠離正在運動中的人，尤其是觀看球塞。
5，多吃含鐵食物，以吸附電磁波。

最後，mexopenCV 在 matlab下一個簡單的實作

我的mexopenCV，經過前置作業，error的解決，終於編好了，可以用了吧？？

一在matlab run下去，就出現傳說中的Invalid MEX file。差點拿電腦起來砸!!!
不過，這個錯誤在之前爬文時就有看見，所以就是我的openCV版本太多，compile失敗太多次的結果吧。
回到/Applications/MATLAB_R2013b.app/bin/maci64 中，一不作二不休，把目錄下的所有 libopencv___.dylib全砍了。
終於，它乖乖的可以在matlab下執行了。

我現在執行的是東大的code，不過我個人把它修改過了，將兩個code連結起來，就可以啟動camera，同時做人臉辨視：

% Load a face detector and an image
detector = cv.CascadeClassifier('/Users/chaoh2/Documents/MATLAB/haarcascade_frontalface_alt.xml');

% Connect to a camera
camera = cv.VideoCapture();
pause(1);

for i = 1:100
% Capture frame
frame = camera.read; 

% Preprocess
gr = cv.cvtColor(frame, 'RGB2GRAY');
gr = cv.equalizeHist(gr);

% Detect
boxes = detector.detect(gr, 'ScaleFactor',  1.3, ...
                            'MinNeighbors', 2, ...
                            'MinSize',      [30, 30]);
% Draw results
imshow(frame);

for i = 1:numel(boxes)
        rectangle('Position',  boxes{i}, ...
                  'EdgeColor', 'g');
end
    
pause(0.001);
end

camera.delete;
pause(1);
close all

突然有了小小的成就感，不必砸電腦了。

在 Matlab 上加值 mexopenCV 來使用 openCV的功能

我在前一篇，已經詳細的記錄了大部份要compile mexopenCV 的前置工作，但是在我下了下面的命令，還是遇到了error。

mexopencv.make('clean', true);
mexopencv.make

它一直出現類似：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "cv::merge(std::vector > const&, cv::_OutputArray const&)", referenced from:
      MxArray::toMat(int, bool) const in libMxArray.a(MxArray.o)
  "cv::split(cv::Mat const&, std::vector >&)", referenced from:
      MxArray::MxArray(cv::Mat const&, mxClassID, bool) in libMxArray.a(MxArray.o)
  "std::string::compare(char const*) const", referenced from:
      MxArray::toRange() const in libMxArray.a(MxArray.o)
  "std::string::_Rep::_M_destroy(std::allocator const&)", referenced from:...........
............

ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)

    mex: link of ' "+cv/CamShift.mexmaci64"' failed.

make: *** [+cv/CamShift.mexmaci64] Error 1

的錯誤。

非常的sad，mac上在 Matlab 上加值 mexopenCV 遇到一大票的問題

裝完simpleITK後，現在想來裝看看openCV。畢竟openCV有更多的resource可以參考，似乎在快速建模方面，也比ITK有效率。由於我還是在matlab下工作，我選擇了mexopenCV來使用。
先講我的環境，我用的是macbook pro，osx 版本是10.9.2，我的matlab一開始是2013a，後來換成了2013b。

1. 先安裝openCV

果然跑不掉，還是要先安裝openCV。

一開始傻傻的下載source自已make，自已complie，後來高人指點，用macports或是homebrew。雖然一些網站，和日本東大強者的網頁都是使用macports來安裝。但我的朋友建議使用homebrew來安裝。畢竟homebrew不需要用sudo就可以安裝程式。(另外發現，homebrew和macports也可以安裝ITK喔！)

在shell中輸入以下指令來安裝homebrew：

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/Homebrew/homebrew/go/install)"

然後再輸入：

brew tap homebrew/science
brew install opencv

等個幾分鐘，openCV就裝好了。

如何給強大的 Matlab，再外加 ITK 的大力丸咧？(裝機篇)

上次稍稍和大家提過，醫學影像的處理，有一大部份是使用insight toolkit (ITK)了。而ITK和matlab的互通，也有不少人努力過，包括有matitk, simitk以及現在要提的 simpleITK。

其實，simpleITK並不是使用最方便的.mex編譯，可以直接呼叫。而是透過 java的使用來implement。當然，也可以透過c++，c#，那不如直接去呼叫原始的 ITK，不必使用精簡版本的simpleITK。另外，simpleITK也有python版本，matlab也可以執行python腳本，但是效能並沒有java來得好。

只是，matlab並不能像執行.m file，或是呼叫.mexmaci64一般的直接執行 java code，必需經過一些處理。接下來就把小弟不才我胡搞瞎搞兩天的功力，全放在這兒了。

如何給強大的 Matlab，再外加 ITK 的大力丸咧？(介紹篇)

一直想要做些醫學影像的研究，所以小弟我涉獵了一些影像研究的東西。但是經歷上根本不是學computer science的，血液中流的也不是程式設計師的血，只好勉強用用matlab來解決我的問題。雖然matlab的image toolbox相當強大，但是，做影像的永遠都差那麼一些些，所以也需要一些外加的程式庫來運用。

有不少朋友都問我，要做影像為什麼不用openCV？說真的，openCV真是個好物，對我而言，還有強者Kota Yamaguchi 幫它轉成matlab認得的function，更是加快在matlab上的應用。但是openCV在體質上，並不太適合用在醫學影像。它大部份的程式庫，不管2D或3D，都是處理8 bit, 3 channel的彩色影像為主，只有少數函式可以接受double的數值。而醫學影像卻常常是12 bit, 1 channel的灰階影像(其值大多在-1024 ~ 1023之間，我實際處理，有遇過數值到達16k的範圍)。這樣的資料丟到openCV的程式庫裏去，要嗎被吐出來，不然就是給個怪怪的結果。所以，必需做些資料轉換的工作，甚至要把 Grayscale的部份劣化。就看你能不能接受這樣的結果。