星期五, 11月 18, 2011

如何用mysql來安裝RxNorm

醫學資訊學原理 -- Standards in biomedical informatics
作業報告:HW2_2011-10-24

由於RxNorm須要載入到RDBMS來做儲存和運作,所以先下載xampp來使用。裝好後可以啟動其中的Apache和mysql來使用。如下:



在註冊UMLS後,下載RxNorm_full_10032011.zip。再解壓縮到任一目錄中。


然後在mysql中建立RxNorm的資料庫:


因為xampp的mysql是安裝在C:\xampp\mysql中,而可以使用的id和pass以及host_id及資料庫名稱必須填在其中的scripts\mysql\之下的批次檔:Populate_mysql_rxn.bat之中:


但是這樣似乎還不行,在執行過程中,會找不到所有的.RRF檔案,而出現ERROR 2 (HY000) at line 1: File 'RXNATOMARCHIVE.RRF' not found (Errcode: 2)。
所以必須把rrf/之下的.RRF檔案copy到scripts\mysql\之下。


然後即可以執行這個Populate_mysql_rxn.bat的批次檔。會花相當多的時間在轉換資料之上(轉換前有近700m,轉後有1g的資料量)


安裝完之後的樣子:


之後再執行查詢的動作:


這樣就完成RxNorm的安裝了。

沒有留言:

//for syntaxhighlighter 3 //看一下載入的JS模組有哪些,不要的就刪掉 //end syntaxhighlighter 3