如何給強大的 Matlab，再外加 ITK 的大力丸咧？(裝機篇)

上次稍稍和大家提過，醫學影像的處理，有一大部份是使用insight toolkit (ITK)了。而ITK和matlab的互通，也有不少人努力過，包括有matitk, simitk以及現在要提的 simpleITK。

其實，simpleITK並不是使用最方便的.mex編譯，可以直接呼叫。而是透過 java的使用來implement。當然，也可以透過c++，c#，那不如直接去呼叫原始的 ITK，不必使用精簡版本的simpleITK。另外，simpleITK也有python版本，matlab也可以執行python腳本，但是效能並沒有java來得好。

只是，matlab並不能像執行.m file，或是呼叫.mexmaci64一般的直接執行 java code，必需經過一些處理。接下來就把小弟不才我胡搞瞎搞兩天的功力，全放在這兒了。

1. 要先把simpleITK的java版本下載好。
2. java必需要先放在 java class path裏去：
要被呼叫的 .jar檔案，必需要先放在 java class path裏。一般是使用 javaaddpath，將其置入Dynamic segment裏就好了。但是我一直沒辦法成功呼叫java，所以只好置入static segment中。
在matlab，要把java class置入static segment，必需把該 .jar檔案包括絕對路徑寫在 "javaclasspath.txt" 之中。並將之放在 matlab的根目錄中
3. 處理 JNI所造成的問題：
上次說過，simpleITK其實是用 java包裝的c語言(java warp)，所以真正的code其實是藏在Java Native Interphase中。上面的步驟只能讓matlab叫到java，是叫不到JNI檔案的。在參考這一篇，還有這個討論串，以及這本書之後，發現解決方法有二。其一是寫另一個java程式把它load進來，其二是把路徑寫到matlab的"librarypath.txt"中。
以上兩步都可以直接在matlab的command window打 "edit javaclasspath.txt"及"edit librarypath.txt"。
4. 重開matlab，剛剛的修改才會起作用。
5. 接下來就可以用methods, methodview, javaMethod等來使用java的功能了。

這邊有一些些範例，雖然不是用matlab寫的，但是檔案load好了，幾乎就可以直接套用了。下次我們再來看看要怎麼使用。