你從那兒得到這次H1N1新流感的資訊的呢？？
大部份的人，可能會說"新聞"、"CDC網站"、"CNN".....等的啦！
身為所謂的Health care provider，所謂的professional ，這樣的答案可能無法說服別人說，你很認真喔！
第一，當然是身為醫學雜誌的"龍頭"，新英格蘭醫學雜誌，啦。
http://h1n1.nejm.org/
第二，當然是美國內科學(心臟科？)的第一名啦！(大家都是第一)
http://www.thelancet.com/H1N1-flu
第三，當然是線上寶典的第一名啦！！
http://www.mdconsult.com/recommended-results/SwineInfluenza.lp
大家多多看看吧。可能有一堆英文的專有名詞不太懂，不過，看不懂門道，看看熱鬧也好！！
星期四, 5月 14, 2009
數位燈箱 Digital LightBox
本來想常常和大家介紹一些醫療上的新玩具的，可是老是沒時間。
這次放的是一個所謂的數位電子燈箱(燈箱就是，以往要放x光片的那個亮亮的箱)。直接看youtube的好了，蠻吸引人的喔！！
這次放的是一個所謂的數位電子燈箱(燈箱就是，以往要放x光片的那個亮亮的箱)。直接看youtube的好了，蠻吸引人的喔！！
星期日, 5月 03, 2009
新流感 H1N1
是新流感、豬流感、還是北美流感呢？？
不管如何，來看一下世界的hot zone吧。以下有兩個版本：
M$ virtual earth 版本：
Google Earth Based:
http://flutracker.rhizalabs.com/
這個沒找到內嵌的code，只好請大家link過去了。
HealthMap:
http://healthmap.org/swineflu
不只有疫情，還有各國的新聞和作為，可以看看。
不管如何，來看一下世界的hot zone吧。以下有兩個版本：
M$ virtual earth 版本：
Google Earth Based:
http://flutracker.rhizalabs.com/
這個沒找到內嵌的code，只好請大家link過去了。
HealthMap:
http://healthmap.org/swineflu
不只有疫情，還有各國的新聞和作為，可以看看。
星期三, 2月 18, 2009
學術界的遊戲：impact factor
最近最令小弟我振奮的消息，是我"第一篇"SCI的Original article終於通過雜誌社的審查了。大家說，凡事起頭難，這篇文章真的是難產，前前後後搞了兩年多，還把我搞離了醫學中心(嘆~~)。文章通過審查了，接下來是大家的恭喜什麼的...再接下來，就是填國科會的AB表了。所以，上網找這本雜誌的Impact Factor，和期刊的排名。在查找的同時，以往聽到的一些對IF的質疑，也同時顯現在google中(這只告訴我們，沒事還是多看google，在google中可以看到不少正反方的意見，不要老活在自己的小圈圈中，被官員們用IF拉著走)。
還是先來簡介一下IF是怎麼來的。
所謂的IF就是：以某雜誌的所有文章在過去兩年內被引用的次數，除以該雜誌所有文章的數目所得到的數字。而執行這個業務的，是湯姆笙科學公司(Thomson Scientific)。
這個定義非常的簡單，很好理解，想像中也應該非常好算。但是，再深入的想一下，或是用做實驗/研究的精神想一下，當你要做這樣的評估時，你會遇到什麼樣的問題呢？？
1. 要去那些地方找引用？
當然，這似乎是沒問題的，只要是SCI榜上有名的，都會被列入計算或是觀查名單內，沒被SCI所收錄的期刊，其中的文章與引用就通通不計。不過，SCI的榜又是誰訂的，訂的標準又是那兒來的，結果，又是湯姆笙科學公司(Thomson Scientific)挑選和整理的，至於要不要選入SCI榜，也是該公司參考IF的結果。說來說去，似乎又變成了個是雞生蛋，還是蛋生雞的問題了。客不客觀，涵蓋的層面夠不夠廣，在所謂"好"的雜誌是沒什麼問題的，但是對於像"數字週刊"這樣的雜誌，要不要列入，就會有很多的爭執了。
2. 數據會不會因計算時的年份的不同而得到不同的結果？
簡單說，某大量引用"數字週刊"文章的"水果雜誌"去年沒入選，今年入選了，所以對"數字週刊"在2007年的計算，今年算出來的結果理應和去年算的結果會不同，那要以那一次為準呢？？網友也列出了美國洛克斐勒大學出版社(Rockefeller University Press)的編輯們，與湯姆笙科學公司(Thomson Scientific)論戰之事，因為美國洛克斐勒大學發現從湯姆笙公司買來的統計數據自行去計算，所求得的IF值公佈的不一樣。一個研究沒有辦法Repeat，沒辦法讓別人檢視，應該不能視為有效的研究，及有公信力的結果。
那，有可能會出現什麼樣的迷誤(bias)呢？？
1. 會不會有極端值的影響，影響有多大？？
某網友就有提到：
同樣的，一些綜論性的文章、review的雜誌，因為什麼都寫到了，所以被引用的次數一定比只寫單一研究的還高。有人研究了排名前幾名的雜誌，要嘛都是Review的，再不就是像NEJM這樣各科通殺的雜誌。如下：
2. 多人唸的，真的就最有價值嗎？？
沒錯，多人關注的就應該稱之為顯學，但是，非顯學常常也是重要的。就拿生硬的基礎科學，和醫學來比，光是醫生至少每1千人就一個(在開發及已開發國家)，但是基礎科學就沒有這麼多人在做研究了。所以，醫學相關的IF也是基礎科學的10倍以上吧(我猜)。套個網友的文章：
3. 真的有雜誌是一定公正的嗎？？
大家都不願面對的問題，就是有所謂的Journal Club。因為不願面對，就點到這兒為止了。
不過，還是提一下醫界中最有名的一隻貓，Oscar。以牠為篇名的文章 "A Day in the Life of Oscar the Cat" 是出現在 New England Journal of Medicine，2007年的IF是大於60的，而且是歸類為PERSPECTIVE的文章。說真的，這樣的文章，你打死都不肯相信會出現在這樣頂尖的Journal上。或是說，換成我寫這樣的文章，可能連IF = 0.001的雜誌都不肯刊，除非是我老爸辦的雜誌(誤)但是作者 Dr Dosa 卻可以此賺到一篇60多分的文章。上Google，還可以發現有人引用它的說！！這樣說來，清楚了嗎？？你知道的~~~
4. 雜誌社自己的造假？
之前耳聞發生過的事，某開發中國家的journal，為了能增加自己的IF，規定投稿的人要有多少比例引用自己的文章。雖然在湯姆笙科學公司管IF的網頁下，可以進一步看到這雜誌的引用來源，但是這樣造成的誤差，一定也相當的多。
5. 錯誤的資訊，引用反而多？？？
大家最常引用的例子，是南韓科學家黃禹錫發表在Science上，被抓包的那個複製人類胚胎幹細胞文章，雖然被公告刪除。但是，還是有人引用它，有引用，就會反應在IF上，只是，這樣所造成IF的增加，完全不代表它研究的貢獻。IF 完全沒辦法擺脫錯誤引用、錯誤研究成果所造成的影響。
有人提出其他看法，其他排名的算法，或是像Google一樣的用page rank來排名。不管如何，如果你像我一樣，身陷在學術研究之中，就免不了要和大家一起來玩這場數字遊戲。
我的延伸閱讀：在impct factor之外 -- 談Google Scholer Citation 及 Microsoft Academic Search 服務
Impact Factor (IF)：延伸閱讀：
WIKI的解釋
不可盡信的impact factor？
Impact Factor@實驗室裡 實驗室外
我們需要新的Impact Factor?
SCI? Impact Factor? 學術界拿來譁眾取寵的工具。
The Impact Factor Game
科學雜誌排名，Impact Factor 對比 Page Rank，哪個更合理？
還是先來簡介一下IF是怎麼來的。
所謂的IF就是：以某雜誌的所有文章在過去兩年內被引用的次數，除以該雜誌所有文章的數目所得到的數字。而執行這個業務的，是湯姆笙科學公司(Thomson Scientific)。
這個定義非常的簡單，很好理解，想像中也應該非常好算。但是，再深入的想一下，或是用做實驗/研究的精神想一下，當你要做這樣的評估時，你會遇到什麼樣的問題呢？？
1. 要去那些地方找引用？
當然，這似乎是沒問題的，只要是SCI榜上有名的，都會被列入計算或是觀查名單內，沒被SCI所收錄的期刊，其中的文章與引用就通通不計。不過，SCI的榜又是誰訂的，訂的標準又是那兒來的，結果，又是湯姆笙科學公司(Thomson Scientific)挑選和整理的，至於要不要選入SCI榜，也是該公司參考IF的結果。說來說去，似乎又變成了個是雞生蛋，還是蛋生雞的問題了。客不客觀，涵蓋的層面夠不夠廣，在所謂"好"的雜誌是沒什麼問題的，但是對於像"數字週刊"這樣的雜誌，要不要列入，就會有很多的爭執了。
2. 數據會不會因計算時的年份的不同而得到不同的結果？
簡單說，某大量引用"數字週刊"文章的"水果雜誌"去年沒入選，今年入選了，所以對"數字週刊"在2007年的計算，今年算出來的結果理應和去年算的結果會不同，那要以那一次為準呢？？網友也列出了美國洛克斐勒大學出版社(Rockefeller University Press)的編輯們，與湯姆笙科學公司(Thomson Scientific)論戰之事，因為美國洛克斐勒大學發現從湯姆笙公司買來的統計數據自行去計算，所求得的IF值公佈的不一樣。一個研究沒有辦法Repeat，沒辦法讓別人檢視，應該不能視為有效的研究，及有公信力的結果。
那，有可能會出現什麼樣的迷誤(bias)呢？？
1. 會不會有極端值的影響，影響有多大？？
某網友就有提到：
還記得幾年前有一份期刊剛開始發行，就稱之為VC好了。它在2001年左右的impact factor的表現非常好，大概在實驗心理學的期刊中排名前25%。當時我們都極為驚訝，想說這本期刊的成長速度真是驚人，真的是期刊總編領導有方。今天查了一下，VC在2005的排名已經落到後50%了，表現大不如2001年的盛況。
後來我就猜想，會不會是VC在1999或2000年有一本特刊，內容是刊載非常熱門的主題的緣故？先察看了一下每年的文章的被引用率，發現2000年的期刊的文章被引用次數特別高。之後，連到期刊的網頁，瀏覽 2000年的內容。果不其然，該年有一本改變盲（change blindness）的專刊，滿滿的都是相關的研究。因為懶得用SSCI慢慢查的緣故，直接把該期的一些文章丟到Google Scholar查詢，發現有好幾篇文章的被引用次數都是一兩百次。也因此，只要這個主題繼續熱門，2001年仍然有許多相關文章的出現，那VC的 impact factor就一定會很高了。之後，過了2002年，2000年的文章不再被列入impact factor的計算之中，縱使還是常常被引用，還是無法讓VC的impact factor維持在較高的水準了。
同樣的，一些綜論性的文章、review的雜誌，因為什麼都寫到了，所以被引用的次數一定比只寫單一研究的還高。有人研究了排名前幾名的雜誌，要嘛都是Review的，再不就是像NEJM這樣各科通殺的雜誌。如下：
CA-CANCER J CLIN其中，有 "REV" 字眼的就是Review的雜誌。甚至，各大雜誌每年一定要拿一兩個議題來做個專輯，寫成一本suppliment。甚至聯合各大學會，定立一些所謂的guideline，每幾年就修改一下，讓IF可以大幅上昇。
NEW ENGL J MED
ANNU REV IMMUNOL
REV MOD PHYS
NAT REV MOL CELL BIO
ANNU REV BIOCHEM
CELL
PHYSIOL REV
NAT REV CANCER
NATURE
2. 多人唸的，真的就最有價值嗎？？
沒錯，多人關注的就應該稱之為顯學，但是，非顯學常常也是重要的。就拿生硬的基礎科學，和醫學來比，光是醫生至少每1千人就一個(在開發及已開發國家)，但是基礎科學就沒有這麼多人在做研究了。所以，醫學相關的IF也是基礎科學的10倍以上吧(我猜)。套個網友的文章：
內容深澳的文章看得懂的人很少，這種文章被引用次數當然不多。很多明明是最經典的文章無法被引用，類似內容格局卻狹小的簡易版本卻被引用很多次。.......一堆淺薄的人互相引用來引用去，這類文章能夠高明到哪裡去？
3. 真的有雜誌是一定公正的嗎？？
大家都不願面對的問題，就是有所謂的Journal Club。因為不願面對，就點到這兒為止了。
不過，還是提一下醫界中最有名的一隻貓，Oscar。以牠為篇名的文章 "A Day in the Life of Oscar the Cat" 是出現在 New England Journal of Medicine，2007年的IF是大於60的，而且是歸類為PERSPECTIVE的文章。說真的，這樣的文章，你打死都不肯相信會出現在這樣頂尖的Journal上。或是說，換成我寫這樣的文章，可能連IF = 0.001的雜誌都不肯刊
4. 雜誌社自己的造假？
之前耳聞發生過的事，某開發中國家的journal，為了能增加自己的IF，規定投稿的人要有多少比例引用自己的文章。雖然在湯姆笙科學公司管IF的網頁下，可以進一步看到這雜誌的引用來源，但是這樣造成的誤差，一定也相當的多。
5. 錯誤的資訊，引用反而多？？？
大家最常引用的例子，是南韓科學家黃禹錫發表在Science上，被抓包的那個複製人類胚胎幹細胞文章，雖然被公告刪除。但是，還是有人引用它，有引用，就會反應在IF上，只是，這樣所造成IF的增加，完全不代表它研究的貢獻。IF 完全沒辦法擺脫錯誤引用、錯誤研究成果所造成的影響。
有人提出其他看法，其他排名的算法，或是像Google一樣的用page rank來排名。不管如何，如果你像我一樣，身陷在學術研究之中，就免不了要和大家一起來玩這場數字遊戲。
我的延伸閱讀：在impct factor之外 -- 談Google Scholer Citation 及 Microsoft Academic Search 服務
Impact Factor (IF)：延伸閱讀：
WIKI的解釋
不可盡信的impact factor？
Impact Factor@實驗室裡 實驗室外
我們需要新的Impact Factor?
SCI? Impact Factor? 學術界拿來譁眾取寵的工具。
The Impact Factor Game
科學雜誌排名，Impact Factor 對比 Page Rank，哪個更合理？
星期六, 1月 10, 2009
切片乎？？生檢乎？？
上次聽某位醫界大老談"醫學論理"時，突然提到這個biopsy的中文翻譯的問題。他的說法是，翻成"切片"，好像非常可怕的樣子，不知情的病患會想到的是---把人剖開，拉出來，再像切土司一樣的切一塊下來---？？更有甚者，有些甚至寫到"活體""組織"生檢，嚇人吧。
真的是這樣嗎？？那，到底是要怎麼翻譯呢？？
還是先從WIKI著手好了，在中文WIKI百科上可以查到：
活體組織切片（biopsy）是指經由手術、內視鏡或針頭穿刺等方式，在身體中取出活的組織切片後交給病理專家在顯微鏡下觀察是否有異常的一項檢驗技術。可檢測腫瘤細胞的發生與發展狀況，也可用來確認手術切除是否完全。是一向臨床上十分有效且快速的工具。
嗯，在中文WIKI上還是用這個翻譯法(中文的正體、簡體都是使用同一個資料庫)。
那，我們改到日文的WIKI，可以查到的是：
生検法(せいけんほう)は病気の診斷や経過予後の判定のために、生體の組織や臓器から材料を採取する方法。採取された組織片について、病理組織學的検索、電顕的検索などの病理診斷を行う。ときに生化學的検索、感染症検査、遺伝子解析等を行う。
* 穿刺針を用いて材料を得る針生検(needle biopsy)、外科的に切開して組織片を得る方法(surgical biopsy)、內視鏡で観察して組織片を得る方法等がある。
* 経皮的針生検法では採取部位を明確にするために超音波検査等を併用することもある。針生検の対象となる臓器は主にリンパ節、乳腺、甲狀腺、前立腺、肺である。
* 組織試験採取の対象は胸・腹部臓器の他に、皮膚・筋肉・皮下、骨(骨盤・脊椎)、眼、耳・鼻(副鼻腔)、口腔、咽頭・喉頭、甲狀腺、乳腺、直腸、精巣(精巣上體)、末梢神経、子宮膣部・內膜などがある。
* 內視鏡下生検法は食道、胃・十二指腸、気管支・肺などの病変診斷のために行われる。
日文翻的是"生檢"，而剛剛那位某位醫界大老，他的建議是翻成"生檢"。看來原來那個醫界大老是日本派的.....哈哈哈。那什麼是生檢呢，個人以為是"生體組織的檢查"。也許在日本是個很容易瞭解的，但是以漢字直接拿來給大家閱讀，而更令人覺得繞口，更令人有丈二金鋼摸不著頭腦的感覺。
好，那我們再回到我們的Google大神吧。請看Google Trend的趨勢：直接比較"切片"和"生檢"：
可以看到，67:1，其實用量上差蠻多的。但是，仔細一看右側，噫，有的沒的切片都被算進去了。那真正醫學上的有差這麼多嗎？？
好吧，再往下看：：
真正的組織切片、冰凍切片這些醫學上的切片，也佔了25的強度。但是和生檢比較起來，還是高太多了。
小弟我的感覺是，一個詞彙用久了，大家就瞭解是什麼了。就像網路用字，如囧、夯、Orz等等，在網路上流傳久了，也慢慢的進入了日常生活。
真的是這樣嗎？？那，到底是要怎麼翻譯呢？？
還是先從WIKI著手好了，在中文WIKI百科上可以查到：
活體組織切片（biopsy）是指經由手術、內視鏡或針頭穿刺等方式，在身體中取出活的組織切片後交給病理專家在顯微鏡下觀察是否有異常的一項檢驗技術。可檢測腫瘤細胞的發生與發展狀況，也可用來確認手術切除是否完全。是一向臨床上十分有效且快速的工具。
嗯，在中文WIKI上還是用這個翻譯法(中文的正體、簡體都是使用同一個資料庫)。
那，我們改到日文的WIKI，可以查到的是：
生検法(せいけんほう)は病気の診斷や経過予後の判定のために、生體の組織や臓器から材料を採取する方法。採取された組織片について、病理組織學的検索、電顕的検索などの病理診斷を行う。ときに生化學的検索、感染症検査、遺伝子解析等を行う。
* 穿刺針を用いて材料を得る針生検(needle biopsy)、外科的に切開して組織片を得る方法(surgical biopsy)、內視鏡で観察して組織片を得る方法等がある。
* 経皮的針生検法では採取部位を明確にするために超音波検査等を併用することもある。針生検の対象となる臓器は主にリンパ節、乳腺、甲狀腺、前立腺、肺である。
* 組織試験採取の対象は胸・腹部臓器の他に、皮膚・筋肉・皮下、骨(骨盤・脊椎)、眼、耳・鼻(副鼻腔)、口腔、咽頭・喉頭、甲狀腺、乳腺、直腸、精巣(精巣上體)、末梢神経、子宮膣部・內膜などがある。
* 內視鏡下生検法は食道、胃・十二指腸、気管支・肺などの病変診斷のために行われる。
日文翻的是"生檢"，而剛剛那位某位醫界大老，他的建議是翻成"生檢"。看來原來那個醫界大老是日本派的.....哈哈哈。那什麼是生檢呢，個人以為是"生體組織的檢查"。也許在日本是個很容易瞭解的，但是以漢字直接拿來給大家閱讀，而更令人覺得繞口，更令人有丈二金鋼摸不著頭腦的感覺。
好，那我們再回到我們的Google大神吧。請看Google Trend的趨勢：直接比較"切片"和"生檢"：
可以看到，67:1，其實用量上差蠻多的。但是，仔細一看右側，噫，有的沒的切片都被算進去了。那真正醫學上的有差這麼多嗎？？
好吧，再往下看：：
真正的組織切片、冰凍切片這些醫學上的切片，也佔了25的強度。但是和生檢比較起來，還是高太多了。
小弟我的感覺是，一個詞彙用久了，大家就瞭解是什麼了。就像網路用字，如囧、夯、Orz等等，在網路上流傳久了，也慢慢的進入了日常生活。
星期三, 10月 01, 2008
新．科技防癌美學 – Pentax SAFE-3000 自體螢光支氣管鏡
時間拉回到去年九月的韓國首爾的世界肺癌大會，諾大的Exhibition，除了滿滿的poster外，就是廠商區的promotion。這兒不是台北電腦展或是車展，沒有熱舞的show girl(即使有，在學術氣息充斥的場上也格格不入吧)，但是只要是人群聚集的地方，就是科技和學術之所在。在胸腔科的武器，氣管-支氣管鏡，當然也是廠商參展的大宗。
1967年後，隨著日本池田等人研製的光纖支氣管鏡(或稱為軟式支氣管鏡)應用到臨床，我們終於可以用比較簡單的方式，不須要全身麻醉就可以直視氣管內的構造。它可以探查是否有構造上的問題，是否有腫瘤的生長。同時，一些檢查步驟，如經支氣管鏡肺切片（TBLB），支氣管肺泡灌洗（BAL）技術及各種介入性治療工具的出現，支氣管鏡檢查術在臨床上的應用又得到了進一步的普及和提高。近年來，隨著電子零件的縮小化，攝影機也可以做到支氣管鏡中，使得電子式的支氣管鏡逐步在取代光纖支氣管鏡。也因此開發了螢光支氣管鏡的製作。目前，支氣管鏡不僅可被用於診斷和治療氣管支氣管內病變，甚至可以幫助支氣管肺癌的分期，指導治療。
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